리츠·부동산펀드·PFV가 과밀억제권역 부동산 취득 시 적용되는 중과세율 배제로 감소한 취득세에 대해, 농특세법상 납세의무가 성립하지 않음

과밀억제권역(대도시) 안에서 법인이 설립 후 5년 이내에 부동산을 취득하면 취득세 중과세율이 적용됨(지방세법 제13조 제2항 본문·제3항). 다만 지방세특례제한법 제180조의2 제1항은 부동산투자회사(리츠), 부동산집합투자기구(부동산펀드), PFV가 취득하는 부동산에 대해 이 중과세율 적용을 배제함(이하 "중과배제").

실무에서 다투어진 쟁점은, 중과배제로 줄어든 취득세에 농어촌특별세(감면세액의 100분의 20)가 붙는지 여부임. 결론은 붙지 않음. 기획재정부 유권해석과 조세심판원 결정이 일관되게 같은 입장임.

적용 법령

지방세특례제한법 제180조의2 제1항

제180조의2(지방세 중과세율 적용 배제 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산의 취득에 대해서는 「지방세법」에 따른 취득세를 과세할 때 2027년 12월 31일까지 같은 법 제13조제2항 본문 및 같은 조 제3항의 세율을 적용하지 아니한다. <개정 2015. 12. 29., 2018. 12. 24., 2021. 12. 28., 2024. 12. 31.>

「부동산투자회사법」 제2조제1호에 따른 부동산투자회사가 취득하는 부동산
「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제229조제2호에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득하는 부동산
「조세특례제한법」 제104조의31제1항에 해당하는 회사가 취득하는 부동산

농어촌특별세법 제2조 제1항 (감면의 정의)

제2조(정의) ① 이 법에서 "감면"이란 「조세특례제한법」ㆍ「관세법」ㆍ「지방세법」 또는 「지방세특례제한법」에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제

농어촌특별세법 제3조 제1호 (납세의무자)

제3조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

제2조 제1항 각 호 외의 부분에 규정된 법률에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면을 받는 자

농어촌특별세법 제5조 제1항 (취득세 관련 호)

제5조(과세표준과 세율) ① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

「조세특례제한법」·「관세법」·「지방세법」 및 「지방세특례제한법」에 따라 감면을 받는 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면세액(제2호의 경우는 제외한다) … 100분의 20
「지방세법」 제11조 및 제12조의 표준세율을 100분의 2로 적용하여 「지방세법」, 「지방세특례제한법」 및 「조세특례제한법」에 따라 산출한 취득세액 … 100분의 10

거래당사자별 정리

취득 주체	근거 조문	취득세 중과배제	감소분에 대한 농특세(감면세액×20%)
부동산투자회사(리츠)	지특법 §180조의2①1, 부동산투자회사법 §2 1호	적용	성립하지 않음
부동산집합투자기구(부동산펀드)	지특법 §180조의2①2, 자본시장법 §229 2호	적용	성립하지 않음
PFV	지특법 §180조의2①3, 조특법 §104조의31①	적용	성립하지 않음

세 주체 모두 같음. 중과배제로 감소한 취득세는 농특세 과세표준인 "감면을 받는 세액"에 해당하지 않으므로, 그 감소분에 대한 농특세 납세의무는 성립하지 않음.

감소분에 농특세가 붙지 않는 이유

농특세법 제5조 제1항 제1호는 "감면을 받는 세액"의 100분의 20을 농특세로 과세함. 그리고 같은 법 제2조 제1항은 "감면"을 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제로 한정해 열거함. 취득세 특례세율의 적용도 별도 항목으로 규정하나, 이 역시 중과배제와는 구별됨.

중과배제는 이 어디에도 해당하지 않음.

세액감면은 과세표준에 세율을 곱해 산출한 세액에서 사후적으로 일정 비율을 차감하는 방식임. 반면 중과배제는 세율 적용 단계에서 중과세율 대신 표준세율을 적용하는 사전적 방식임. 산출 구조 자체가 다름.
특례세율의 적용도 아님. 중과배제는 별도의 낮은 특례세율을 적용하는 것이 아니라, 중과세율을 적용하지 않고 일반 표준세율로 과세하는 것에 그침.

명문으로 농특세 과세대상에 열거되지 않은 항목에 농특세를 부과하는 것은 과세요건 법정주의와 과세요건 명확주의에 어긋남. 기획재정부도 2007년(조세지출예산과-190, 2007. 3. 27.) 이래, 그리고 2022. 10. 18. 회신(조세특례제도과-710)에서도 지특법 제180조의2 제1항에 따른 중과세율 적용 배제는 농특세법 제2조 제1항의 감면에 해당하지 않는다고 해석해 옴.

서울시의 과세와 그 한계

그럼에도 서울시를 비롯한 일부 지자체는 중과배제를 취득세 감면으로 보아 다수의 투자기구에 농특세를 부과·추징함. 그 근거로 대법원 2023. 3. 16. 선고 2022두66125 판결을 원용함. 이 판결은 지특법 제180조의2 제1항이 같은 법 제180조(중복 특례의 배제)에서 말하는 "감면규정"에 포함된다고 본 것임.

다만 위 판결은 동일 과세대상에 둘 이상의 특례가 겹칠 때 그중 하나만 적용한다는 중복적용 배제의 맥락에서 "감면규정"을 해석한 것이고, 농어촌특별세 과세대상인지 여부를 직접 판단한 것은 아님. 조세심판원은 이 점을 들어 과세를 배척함.

조세심판원 조심2024지0566 결정은 처분청이 중과배제를 농특세법상 감면으로 보아 경정청구를 거부한 처분을 잘못이라고 판단함. 2023년의 다수 결정도 같은 취지임. 심판 단계에서는 납세자 우위로 정리되어 있음.

이미 농특세를 납부한 경우

중과배제로 감소한 취득세에 농특세를 이미 부과·납부한 리츠·부동산펀드·PFV는 경정청구를 통해 환급을 추진할 수 있음. 취득세에 부가되는 농특세는 지방자치단체가 함께 징수하므로, 불복은 지방세 불복 절차로 진행됨.